Nextflow per a Genòmicacourse¶
-
Resum del curs
Traducció assistida per IA - més informació i suggeriments
Un curs pràctic que aplica Nextflow a un cas d'ús real de genòmica: detecció de variants amb GATK.
Aquest curs es basa en la formació per a principiants Hello Nextflow i demostra com utilitzar Nextflow en el context específic del domini de la genòmica. Implementareu un pipeline de detecció de variants amb GATK (Genome Analysis Toolkit), un paquet de programari àmpliament utilitzat per analitzar dades de seqüenciació d'alt rendiment.
-
Informació addicional
Requisits tècnics
Necessitareu un compte de GitHub O una instal·lació local de Nextflow. Consulteu Opcions d'entorn per a més detalls.
Objectius d'aprenentatge
- Escriure un workflow lineal per aplicar la detecció de variants a una sola mostra
- Gestionar fitxers accessoris com ara fitxers d'índex i recursos del genoma de referència de manera apropiada
- Aprofitar el paradigma de flux de dades de Nextflow per paral·lelitzar la detecció de variants per mostra
- Implementar la detecció conjunta de múltiples mostres utilitzant operadors de canal rellevants
Públic i prerequisits
- Audiència: Aquest curs està dissenyat per a investigadors en genòmica i camps relacionats que vulguin desenvolupar o personalitzar pipelines d'anàlisi de dades.
- Habilitats: S'assumeix certa familiaritat amb la línia de comandes, conceptes bàsics de scripting i formats de fitxers genòmics comuns.
- Prerequisits: Conceptes fonamentals de Nextflow i eines cobertes a Hello Nextflow.
Visió general del curs¶
Aquest curs és pràctic, amb exercicis orientats a objectius estructurats per introduir informació gradualment.
Començareu executant les eines de detecció de variants manualment al terminal per entendre la metodologia, i després construireu progressivament un pipeline de Nextflow que automatitza i escala l'anàlisi.
Pla de lliçons¶
Hem dividit això en tres parts que se centren cadascuna en aspectes específics de l'aplicació de Nextflow a un cas d'ús de genòmica.
| Capítol del curs | Resum | Durada estimada |
|---|---|---|
| Part 1: Visió general del mètode | Comprendre la metodologia de detecció de variants i executar les eines manualment | 30 min |
| Part 2: Detecció de variants per mostra | Construir un pipeline que indexa fitxers BAM i detecta variants, i després escalar a múltiples mostres | 60 min |
| Part 3: Detecció conjunta en una cohort | Afegir genotipat conjunt de múltiples mostres utilitzant operadors de canal per agregar sortides per mostra | 45 min |
Al final d'aquest curs, podreu aplicar conceptes fonamentals de Nextflow i eines a un cas d'ús típic de genòmica.
Preparat per fer el curs?