Resum del curs¶
Traducció assistida per IA - més informació i suggeriments
Felicitats per haver completat el curs de formació de Nextflow per a RNAseq!
El teu recorregut¶
Has començat executant eines de processament d'RNAseq manualment al terminal per entendre la metodologia. Després has construït un pipeline de Nextflow per a una sola mostra per automatitzar el procés, l'has escalat per gestionar múltiples mostres en paral·lel, i l'has ampliat per gestionar dades paired-end i agregar informes de QC entre mostres.
El que has construït¶
- Un pipeline de processament d'RNAseq que pren fitxers FASTQ com a entrada i produeix lectures retallades, alineaments i informes de QC agregats com a sortida.
- Processos per al retallat (Trim Galore), alineament (HISAT2), control de qualitat (FastQC) i agregació d'informes (MultiQC) emmagatzemats en fitxers de mòdul separats.
- El pipeline paral·lelitza automàticament el processament de les mostres d'entrada utilitzant el paradigma de flux de dades de Nextflow.
- El pipeline final gestiona dades de seqüenciació paired-end.
Habilitats adquirides¶
A través d'aquest curs pràctic, has après com:
- Escriure un workflow lineal per aplicar mètodes bàsics de processament i QC d'RNAseq
- Gestionar fitxers específics del domini com FASTQ i recursos de genoma de referència de manera apropiada
- Gestionar dades de seqüenciació single-end i paired-end
- Aprofitar el paradigma de flux de dades de Nextflow per paral·lelitzar el processament d'RNAseq per mostra
- Agregar informes de QC entre múltiples passos i mostres utilitzant operadors de canal rellevants
Ara estàs preparat/da per començar a aplicar Nextflow a workflows d'anàlisi d'RNAseq en el teu propi treball.
Propers passos per desenvolupar les teves habilitats¶
Aquí tens les nostres principals recomanacions sobre què fer a continuació:
- Aplica Nextflow a altres casos d'ús d'anàlisi científica amb Nextflow for Science
- Comença amb nf-core amb Hello nf-core
- Explora funcionalitats més avançades de Nextflow amb les Side Quests
Finalment, et recomanem que donis un cop d'ull a Seqera Platform, una plataforma basada en el núvol desenvolupada pels creadors de Nextflow que fa encara més fàcil llançar i gestionar els teus workflows, així com gestionar les teves dades i executar anàlisis de manera interactiva en qualsevol entorn.
Obtenir ajuda¶
Per a recursos d'ajuda i suport de la comunitat, consulta la pàgina d'Ajuda.
Enquesta de valoració¶
Abans de continuar, si us plau, pren-te un minut per completar l'enquesta del curs! La teva valoració ens ajuda a millorar els nostres materials de formació per a tothom.