Nächste Schritte - Video-Transkript¶
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Wichtige Hinweise
Diese Seite zeigt nur das Transkript. Für vollständige Schritt-für-Schritt-Anleitungen kehre zum Kursmaterial zurück.
Willkommen¶
Herzlichen Glückwunsch, du hast es geschafft!
Du bist am Ende angekommen und hast den Hello Nextflow Trainingskurs abgeschlossen. Wir hoffen wirklich, dass es dir Spaß gemacht hat. Vielen Dank, dass du die ganze Zeit bei uns geblieben bist, und wir schätzen die Zeit und Mühe, die du in das Erlernen von Nextflow investiert hast, sehr. Wir hoffen wirklich, dass es für deine Arbeit nützlich sein wird.
Weitere Kurse auf training.nextflow.io¶
Vergiss nicht, regelmäßig auf training.nextflow.io vorbeizuschauen. Wir fügen ständig neue Kurzkurse hinzu und aktualisieren auch viele Materialien, die bereits vorhanden sind. So wird dieser Hello Nextflow Trainingskurs im Laufe der Zeit aktualisiert.
Das ist besonders wichtig, weil wir die Syntax in Nextflow aktualisieren, und 2026 werden eine ganze Reihe neuer Features hinzukommen, sodass dieser Kurs beim nächsten Mal 2027 etwas anders aussehen und sich anders anfühlen wird.
Besonders hinweisen möchte ich auf die "Nextflow for Science"-Seite. Das sind Kurzkurse, die als Fortsetzung des Hello Nextflow Kurses konzipiert sind. Sie zeigen, wie du Nextflow mit spezifischen Anwendungsfällen nutzt, sei es Genomik oder RNAseq oder alle möglichen anderen Dinge. Wir versuchen ständig, weitere wissenschaftliche Anwendungsfälle hinzuzufügen.
Es gibt auch die Side Quests. Wenn wir einen Kurs wie Hello Nextflow entwickeln, gibt es so viel, was wir abdecken könnten, und es ist schwierig, alles im Rahmen zu halten. Wenn es also ein bestimmtes Thema gibt, von dem wir denken, dass es für Leute interessant ist und eine tiefere Behandlung verdient, dann packen wir das in eine Side Quest.
Schau sie dir an und wenn es verschiedene Dinge gibt, die für deine Arbeit relevant sein könnten, wie nf-test oder verschiedene Dinge mit Metadaten und gängige Skripting-Muster, dann schau dir die Side Quests an und sieh, ob das für dich nützlich sein könnte, um mehr zu lernen.
Es gibt auch den Kurs über nf-core. Hoffentlich kennst du das Projekt mittlerweile, aber wenn nicht, schau es dir an. Es gibt fast 150 verschiedene Pipelines für verschiedene Arten von Analysen und verschiedene Arten von Daten, also ist es durchaus möglich, dass es eine Pipeline gibt, die sofort einsatzbereit für die Art der Datenanalyse ist, die du benötigst.
Wichtig ist auch, dass es Komponenten in nf-core gibt, fast 1700 verschiedene Module, verschiedene Prozesse und Wrapper für Tools. Und mit dem Tooling, das mit nf-core kommt, kannst du diese mischen und kombinieren und deine eigene Pipeline wie Legobausteine bauen. Viel schneller und reproduzierbarer.
Seqera Platform¶
Wenn du deine Nutzung von Nextflow ausweitest, schau dir Seqera Platform an, es ist der beste Weg, Nextflow auszuführen. Du kannst auf deiner eigenen Infrastruktur laufen, also HPC oder AWS, Azure, Google Cloud, Oracle und mehr. Du kannst auch unser eigenes Seqera Compute nutzen, wenn du überhaupt keine Computing-Infrastruktur verwalten möchtest.
Seqera Platform vereinfacht wirklich die Einrichtung dieser komplexen Cloud-Infrastrukturen mit Features wie Batch Forge, das die Umgebung für dich erstellt. Und es hilft auch wirklich bei der Beobachtbarkeit und Audit-Logging und Compliance.
Es macht Pipelines objektiv günstiger und schneller mit Technologien wie Fusion, die Festplattenzugriff und Datenübertragungen optimieren. Und es gibt auch Pipeline-Optimierung, um sicherzustellen, dass die Konfiguration deiner Pipelines so fein abgestimmt wie möglich ist.
Es gibt völlig unterschiedliche Features neben dem Ausführen von Pipelines. Wir haben Studios, wo du interaktive Analysen durchführen und Umgebungen aus jedem benutzerdefinierten Docker-Image erstellen kannst, das du erstellst. Und Data Explorer, der dir hilft, deine verschiedenen Dateisysteme zu erkunden, wo auch immer sie sein mögen.
Es gibt einen kostenlosen Tarif für Seqera Platform, sodass du fast alle diese Features jetzt kostenlos nutzen kannst. Und wir geben dir sogar hundert Dollar kostenlose Compute-Credits mit Seqera Compute, wenn du dich mit deiner organisatorischen E-Mail-Adresse anmeldest. Schließlich gibt es ein akademisches Programm, wenn du also an einer Universität arbeitest, schau dir die Preisseite an, finde das Formular dort und lass es uns wissen, und wir werden dich kostenlos auf Cloud Pro upgraden.
Community-Hilfe und Events¶
Okay. Für die Zukunft. Wenn du jemals Unterstützung mit Nextflow brauchst, schau dir community.seqera.io an. Es ist wirklich aktiv und wir hoffen, dich dort zu sehen, um deine verschiedenen Probleme und Anwendungsfälle zu diskutieren, und vielleicht kannst du jetzt sogar anderen Leuten helfen.
Wir haben auch viele Events. Wir haben Community-Events von nf-core und Nextflow. Wir haben einen online und verteilten nf-core Hackathon im März, letztes Jahr haben über tausend Leute aus Standorten auf der ganzen Welt teilgenommen. Also bitte schließ dich uns an, wenn du kannst.
Und wir haben auch Nextflow Summit Events, eines in Boston, und dann haben wir ein Event in Barcelona und online. Fantastische Vorträge, wo du hören kannst, wie Leute Nextflow auf wirklich massive und wilde und aufregende verschiedene Arten nutzen. Und es gibt auch Hackathons, die damit verbunden sind, und Training vor Ort.
Nextflow Podcast und Blog¶
Wenn du über Dinge im Nextflow-Ökosystem auf dem Laufenden bleiben möchtest, schau dir seqera.io/blog an.
Es gibt dort einen Bereich für Nextflow, wo du Community-Blogposts von Leuten aus der Community lesen kannst, und auch Blogposts von Seqera über Updates zu Nextflow und den anderen Tools, die wir erstellen.
Ich möchte auch Werbung für mein Herzensprojekt machen, den Nextflow Podcast. Schau ihn dir auf Spotify oder Apple Music oder YouTube an. Wir veröffentlichen regelmäßig neue Episoden, in denen ich mit anderen Leuten chatte, die entweder mit Nextflow oder assoziierten Technologien arbeiten, oder Leute aus der Community. Und wir machen wirklich technische, tiefgehende Einblicke in die Funktionsweise von Dingen und was Leute machen. Wenn du interessiert bist, schau sie dir an. Sie machen wirklich Spaß.
Danksagungen¶
Okay, ich möchte ein paar Danksagungen machen. Das Trainingsteam bei Seqera ist für dieses Material verantwortlich. Ich sitze vor einer Kamera, aber wirklich die ganze harte Arbeit wurde von diesen anderen Leuten geleistet. Besonderer Gruß an Geraldine, die dieses Trainingsmaterial für Hello Nextflow und andere geschrieben und aufgefrischt hat. Und auch an Jon, der wirklich geholfen hat, besonders bei der Aktualisierung der Syntax für die neue Nextflow-Syntax und auch beim Schreiben vieler Kurse selbst. Andere im wissenschaftlichen Entwicklungsteam wie Rike, Rob, Florian und viele andere hatten einen großen Einfluss auf das Material, mit dem wir gearbeitet haben.
Ich möchte auch Leuten aus der Community danken. Die neuen Übersetzungen zum Beispiel, die sehr neu sind, wurden stark von Leuten aus dem Ambassador-Programm und anderswo beeinflusst. Und wirklich, die Open-Source-Natur des Trainingsmaterials bedeutet, dass wir ziemlich regelmäßig Pull Requests und Issues bekommen, die uns wirklich helfen.
Umfrage¶
Jetzt, wo du fertig bist, mach bitte schnell die Feedback-Umfrage, falls du es noch nicht getan hast. Sie ist auf der Website training.nextflow.io direkt unter dem Hello Nextflow Bereich.
Es sind nur fünf Fragen. Es geht wirklich, wirklich schnell, aber das erlaubt uns, ungefähr zu verfolgen, wie viele Leute das Training machen, und du kannst uns auch sagen, wie wir das Trainingsmaterial verbessern können. Wir überprüfen wirklich alle Antworten, also schätzen wir deinen Input dort sehr.
Auf Wiedersehen¶
Nochmals vielen, vielen Dank, dass du uns bei diesem Kurs und auf dieser Reise begleitet hast. Erstelle ein GitHub Issue oder Pull Request, wenn du etwas im Trainingsmaterial entdeckt hast, das deiner Meinung nach verbessert werden könnte. Und ich hoffe wirklich, dich in einem anderen Nextflow Trainingskurs zu sehen, oder vielleicht bei einem Hackathon oder Event. Nochmals vielen Dank.