Kurszusammenfassung¶
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Herzlichen Glückwunsch zum Abschluss des Nextflow for RNAseq Trainingskurses!
Deine Reise¶
Du hast damit begonnen, RNAseq-Verarbeitungstools manuell im Terminal auszuführen, um die Methodik zu verstehen. Dann hast du eine Nextflow-Pipeline für eine einzelne Probe erstellt, um den Prozess zu automatisieren, sie auf die parallele Verarbeitung mehrerer Proben skaliert und erweitert, um Paired-End-Daten zu verarbeiten und QC-Berichte über alle Proben hinweg zu aggregieren.
Was du erstellt hast¶
- Eine RNAseq-Verarbeitungspipeline, die FASTQ-Dateien als Eingabe nimmt und getrimmte Reads, Alignments und aggregierte QC-Berichte als Ausgabe produziert.
- Prozesse für Trimming (Trim Galore), Alignment (HISAT2), Qualitätskontrolle (FastQC) und Berichtsaggregation (MultiQC), die in separaten Moduldateien gespeichert sind.
- Die Pipeline parallelisiert automatisch die Verarbeitung der Eingabeproben mithilfe von Nextflows Dataflow-Paradigma.
- Die finale Pipeline verarbeitet Paired-End-Sequenzierungsdaten.
Erworbene Fähigkeiten¶
Durch diesen praxisorientierten Kurs hast du gelernt, wie du:
- Einen linearen Workflow schreibst, um grundlegende RNAseq-Verarbeitungs- und QC-Methoden anzuwenden
- Domänenspezifische Dateien wie FASTQ und Referenzgenom-Ressourcen angemessen handhabst
- Single-End- und Paired-End-Sequenzierungsdaten verarbeitest
- Nextflows Dataflow-Paradigma nutzt, um die RNAseq-Verarbeitung pro Probe zu parallelisieren
- QC-Berichte über mehrere Schritte und Proben hinweg mithilfe relevanter Kanal-Operatoren aggregierst
Du bist jetzt bereit, Nextflow auf RNAseq-Analyse-Workflows in deiner eigenen Arbeit anzuwenden.
Nächste Schritte zum Ausbau deiner Kenntnisse¶
Hier sind unsere wichtigsten Empfehlungen, was du als Nächstes tun kannst:
- Wende Nextflow auf andere wissenschaftliche Analyse-Anwendungsfälle an mit Nextflow for Science
- Starte mit nf-core durch Hello nf-core
- Erkunde fortgeschrittenere Nextflow-Features mit den Side Quests
Abschließend empfehlen wir dir, einen Blick auf die Seqera Platform zu werfen, eine cloudbasierte Plattform, die von den Entwickler*innen von Nextflow erstellt wurde und es noch einfacher macht, deine Workflows zu starten und zu verwalten sowie deine Daten zu verwalten und Analysen interaktiv in jeder Umgebung auszuführen.
Hilfe erhalten¶
Für Hilferessourcen und Community-Support siehe die Hilfe-Seite.
Feedback-Umfrage¶
Bevor du weitermachst, nimm dir bitte eine Minute Zeit, um die Kursumfrage auszufüllen! Dein Feedback hilft uns, unsere Trainingsmaterialien für alle zu verbessern.