Plugin-Entwicklung¶
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Das Plugin-System von Nextflow ermöglicht es dir, die Sprache um eigene Funktionen, Monitoring-Hooks, Ausführungs-Backends und mehr zu erweitern. Plugins ermöglichen es der Community, Nextflow um neue Features zu ergänzen, ohne den Kern zu verändern – ideal, um wiederverwendbare Funktionalität über Pipelines hinweg zu teilen.
In diesem Training lernst du, wie du vorhandene Plugins verwendest und optional eigene erstellst.
Zielgruppe & Voraussetzungen¶
Teil 1 behandelt die Verwendung vorhandener Plugins und ist für alle Nextflow-Nutzer*innen relevant. Die Teile 2–6 befassen sich mit der Entwicklung eigener Plugins und beinhalten Groovy-Code sowie Build-Tools. Vorkenntnisse in Java oder Groovy sind nicht erforderlich.
Voraussetzungen
- Ein GitHub-Konto ODER eine lokale Installation, wie hier beschrieben.
- Abgeschlossener Hello Nextflow-Kurs oder gleichwertige Kenntnisse.
- Java 21 oder höher (in der Trainingsumgebung enthalten; nur für die Teile 2–6 benötigt).
Arbeitsverzeichnis: side-quests/plugin_development
Lernziele¶
Nach Abschluss dieses Trainings kannst du:
Plugins verwenden (Teil 1):
- Vorhandene Plugins in deinen Workflows installieren und konfigurieren
- Plugin-Funktionen importieren und verwenden
Plugins entwickeln (Teile 2–6):
- Ein neues Plugin-Projekt mit dem integrierten Projektgenerator von Nextflow erstellen
- Eigene Funktionen implementieren, die aus Workflows aufgerufen werden können
- Dein Plugin lokal bauen, testen und installieren
- Workflow-Ereignisse überwachen (z. B. Aufgabenabschluss, Pipeline-Start/-Ende) für eigenes Logging oder Benachrichtigungen
- Konfigurationsoptionen hinzufügen, um Plugins anpassbar zu machen
- Dein Plugin verteilen
Kursplan¶
Teil 1: Plugin-Grundlagen¶
Verwende vorhandene Plugins in einem Nextflow-Workflow und konfiguriere ihr Verhalten.
Teil 2: Ein Plugin-Projekt erstellen¶
Generiere ein neues Plugin-Projekt und untersuche seine Struktur.
Teil 3: Eigene Funktionen¶
Implementiere eigene Funktionen, baue dein Plugin und führe es in einem Workflow aus.
Teil 4: Testen¶
Schreibe und führe Unit-Tests mit dem Spock-Framework aus.
Teil 5: Workflow-Monitoring¶
Reagiere auf Ereignisse wie den Abschluss von Aufgaben, um einen Aufgabenzähler zu erstellen.
Teil 6: Konfiguration & Verteilung¶
Lese Einstellungen aus nextflow.config, um dein Plugin anpassbar zu machen, und lerne, wie du es teilst.
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