Orientación - Transcripción del Video

Traducción asistida por IA - más información y sugerencias

Nota importante

Esta página muestra solamente la transcripción. Para instrucciones completas paso a paso, regrese al material del curso.

Bienvenida

Hola, y bienvenido/a a Hello Nextflow. Mi nombre es Phil Ewels. Soy gerente de producto para software de código abierto en Seqera, la compañía detrás de Nextflow.

Este curso es una introducción práctica a la construcción de workflows con Nextflow. Está diseñado para personas completamente nuevas en Nextflow que desean desarrollar sus propios pipelines.

Todos los ejemplos son procesamiento simple de texto, para que puedas concentrarte en los conceptos de Nextflow sin necesitar experiencia específica del dominio, solo algo de familiaridad con la línea de comandos.

Vamos a repasar los fundamentos de Nextflow: escribir procesos, conectarlos en workflows de múltiples pasos, administrar dependencias de software con contenedores, y configurar pipelines para diferentes entornos de cómputo. Al final, habrás construido un pipeline funcional desde cero.

Este curso se enfoca en desarrollar pipelines. Si solo quieres ejecutar pipelines existentes sin profundizar demasiado en el código, tenemos un curso más corto "Nextflow Run" que podría ser más adecuado para ti.

Una vez que domines los fundamentos aquí, también tenemos cursos de seguimiento que aplican estos conceptos a análisis científicos reales. Te enseñaremos cómo usar los pipelines y las mejores prácticas de la comunidad nf-core.

Si te quedas atascado/a, dirígete a community.seqera.io. Hay un foro activo de la comunidad con una sección dedicada específicamente para preguntas de capacitación. Puedes usarlo en cualquier momento, sin embargo, también realizamos semanas de capacitación trimestrales con personas disponibles específicamente para ayudar. Así que si estás haciendo la capacitación durante una de esas, definitivamente no seas tímido/a y pide ayuda.

También puedes intentar pedir ayuda a Seqera AI. Es excelente para explicar código de Nextflow y ayudarte con la depuración.

Cuando estés listo/a para ejecutar Nextflow a gran escala, Seqera Platform es el mejor lugar para hacerlo. Se ejecuta en tu infraestructura sin dependencia de proveedores, con todo desde el lanzamiento de pipelines hasta el monitoreo en tiempo real, hasta entornos de análisis interactivos. Pero por ahora, simplemente concentrémonos en los fundamentos.

Bien, comencemos.

training.nextflow.io

Bien. Lo primero a tener en cuenta es que todos los cursos de capacitación en training.nextflow.io son muy interactivos. La idea es que sigas el material de capacitación y mis instrucciones, y repasemos el material de capacitación juntos. Así que necesitarás dos cosas: necesitarás tu laptop y necesitarás tener este sitio web abierto. Y eso es prácticamente todo.

Esta es la página de inicio tal como se ve hoy cuando grabo esto. Puedes ver que hay un resumen de las diferentes cosas, los antecedentes y los diferentes cursos que tenemos, cuya lista está creciendo todo el tiempo.

Nextflow for newcomers es donde estamos. Hay dos cursos dentro de aquí, Nextflow Run, que es un curso diferente, y el Hello Nextflow, que es lo que nos interesa.

Y también puedes ver todos los diferentes cursos en la barra lateral. Puedo saltar a Hello Nextflow, y podemos ver todos los diferentes capítulos que vamos a trabajar juntos.

Hay un par de otras cosas importantes a tener en cuenta aquí. En primer lugar, el material de capacitación está versionado, así que puedes ver aquí arriba. Dice 3.0 latest, que al momento de grabar esto es la última versión estable. Esto cambiará con el tiempo. Publicamos nuevos cursos y actualizamos el material con el tiempo. Así que si es 3.1 o 3.2, no te preocupes demasiado. Si es 4.0, entonces probablemente hay un nuevo video, y deberías tal vez ir a buscar eso porque probablemente habrá actualizaciones significativas.

Otro menú desplegable en la parte superior es este, de idioma. Ahora esto es completamente nuevo para la versión 3.0. Hemos tomado el material previamente traducido, que fue hecho por humanos, a mano, y lo hemos pasado a un LLM y configurado toda esta nueva infraestructura para mantener diferentes traducciones del material de capacitación usando traducción con LLM.

Así que ahora tenemos todas estas fantásticas traducciones aquí. Entonces, si quieres escuchar en coreano, puedes cargar todo el sitio web en coreano. Y seguir adelante allí. Lo mismo para todos estos otros idiomas, hindi y alemán y así sucesivamente. Voy a seguir en inglés. Ese es el idioma principal en el que escribimos el material.

Un par de otros botones si te gusta tener modo claro. En lugar de ese modo, puedes seguir el sitio web en modo claro en la parte superior aquí.

Y luego también todo lo que miramos está en un único repositorio de GitHub, que es de código abierto, llamado nextflow-io/training. Y si haces clic en este botón en cualquier momento, irá al repositorio de GitHub. Volveremos a eso en un minuto.

Configurando GitHub Codespaces

Bien, así que ahora tienes esto abierto en la pestaña del navegador. Vayamos a Hello Nextflow y hagamos clic. Puedes ver en la página de introducción, nos dice algunos de los requisitos, el resumen, y el plan de lecciones de aproximadamente lo que vamos a cubrir, y luego vamos a sumergirnos en los primeros pasos.

Hay diferentes formas en que puedes hacer este tutorial interactivo. Si estás cómodo/a, eres bienvenido/a a hacer esto localmente en tu propia computadora con tu propia instalación de Nextflow. si hacemos clic en Opciones de entorno, puedes ver que hay más detalles sobre cómo hacer esto ya sea usando Devcontainers locales o también puedes simplemente instalar todo el software localmente, con instalación manual.

Estamos trabajando en hacer que esto funcione bien con Seqera Studios, así que esa es otra opción. Pero la más común en este momento es usar GitHub Codespaces.

Codespaces configura un entorno sandbox en un servidor remoto ejecutado por GitHub. Y es gratis para una cierta cantidad de uso, lo cual generalmente está bien para la capacitación. Y te configurará con una instancia de VS Code, un IDE donde puedes acceder a todos los archivos del repositorio, ejecutar Nextflow y todo. Y hemos preconfigurado Codespaces para ti. Así que tiene todo lo que necesitas.

La belleza de esto es que es solo un clic para configurar un Codespace. Es lo mismo para todos, y sabemos que ya tienes todos los requisitos previos instalados, así que es agradable y rápido.

Entonces lo primero que hay que hacer es ir a "Primeros pasos". Busca este botón, que dice, Abrir en Codespaces. Voy a hacer cmd + clic para abrirlo en una nueva pestaña, y nos lleva a GitHub.

Así es como se ve. Podemos ver que hemos configurado todas las opciones aquí para ti. Si quieres, puedes hacer clic en cambiar opciones. Algunas cosas que puedes hacer aquí. Puedes dar una máquina de instancia más grande, por ejemplo, si descubres que se cuelga porque se queda sin memoria o algo así. O establecer versiones específicas del material de capacitación. Pero usualmente puedes simplemente ir con lo que hemos configurado aquí y puedes verlo. En este caso está usando la versión 3.0.

Así que voy a hacer clic en crear nuevo Codespace. Y eso me lleva adentro.

Observa también, dice no hay Codespace para reanudar allí. Si previamente he creado un Codespace, hacer clic en ese botón nuevamente en el material de capacitación me llevará a la misma página y listará todos los Codespaces que ya tengo ejecutándose. Entonces puedes simplemente volver a saltar directamente a ellos y continuar donde lo dejaste. Así que no importa si cerraste tu laptop.

Se apagan automáticamente después de unos minutos de inactividad, pero no hay problema. Simplemente puedes reiniciarlos.

Una vez que inicias un nuevo Codespace, va a quedarse en esta página así y va a cargar por bastante tiempo. Así que ahora es un buen momento para tomar un descanso rápido. ¿Tal vez olvidaste ir al baño o quieres una taza de té antes de comenzar? Ve ahora mientras esperas esto, porque va a girar allí por un tiempo.

Rápidamente mientras esperamos que cargue, también voy a ir a github.com/codespaces y solo mostrar que esta es la página de resumen donde puedes ver todos los diferentes Codespaces que tienes ejecutándose actualmente.

Puedes ver que tengo uno aquí para nextflow-io/training. Sin cambios, porque no he hecho nada en él todavía. La cantidad de recursos que está usando, y puedes ver que en este momento se está configurando. Puedo ir aquí, hacer clic en este pequeño menú desplegable y hacer clic en eliminar. Entonces si accidentalmente configuras múltiples Codespaces y no estás usando algunos, puedes eliminar los viejos y limpiar.

Finalmente, una forma más de entrar a esto. Si vamos al repositorio de GitHub. Y esto funciona para cualquier repositorio de GitHub. Haz clic en code. Puedes tener comandos para clonar el repositorio localmente. Y hay una pestaña llamada Codespaces. Y nuevamente, puedes crear uno nuevo, y puedes ver los que ya están ejecutándose.

Entonces nuevamente, si olvidas cómo creaste tu Codespace, siempre puedes volver a él de esta manera.

La interfaz de VS Code

Bien, los constructores terminaron y ahora está comenzando a cargar los GitHub Codespaces. No siempre toma tanto tiempo, así que no te preocupes. Es solo la primera vez que creas el Codespace. Si vuelves a saltar a uno que ya existe, es mucho más rápido.

No seas demasiado impaciente si esta es la primera vez, aún no ha terminado, aunque está comenzando a darnos una interfaz.

Pero mientras esperamos que las cosas finales se configuren, solo te guiaré a través de la interfaz en caso de que no estés muy familiarizado/a con VS Code.

En primer lugar, está la barra lateral de chat para cosas de IA, que no necesitamos. Así que voy a cerrar eso, deshacerme de eso y liberar algo de espacio.

A la izquierda, tenemos el explorador de archivos que nos muestra todos los archivos en el repositorio de Git, que es el espacio de trabajo que hemos creado. Nota, estos no son archivos locales. Esto está todo en el servidor remoto donde estamos trabajando. Puedes arrastrar y soltar archivos locales y cosas, pero en su mayor parte, no vamos a pensar en eso hoy. Solo estamos trabajando puramente de forma remota.

Hay otras herramientas en esta barra lateral, por ejemplo, búsqueda. Así que puedes buscar en todos los archivos de un repositorio de una vez. Y si estuviéramos haciendo trabajo de desarrollo en el repositorio de capacitación, podríamos hacer integración con control de código fuente con Git y depuración y otras cosas.

Otras cosas son, hay una ventana principal de edición de código aquí arriba, que acaba de cargar una vista previa del readme, que es para el material de capacitación. Así que en este caso está viendo markdown, pero normalmente esto será un editor de código.

Y luego debajo de eso tenemos el terminal, que es donde vamos a ejecutar todos nuestros comandos e interactuar directamente con Nextflow.

Todo en el Codespace está preinstalado, así que el comando de Nextflow ya está ahí y así sucesivamente.

Bien. Cuando llegues hasta aquí, debería estar casi listo. Puedes ver ahora que ha descargado el servidor de lenguaje de Nextflow y ha configurado algunas extensiones para nosotros en VS code, incluyendo la extensión de Nextflow, que va a ser útil. Así que puedo cerrar eso y puedo cerrar el README.md.

Y ahora puedes ver que tengo más en el lado izquierdo. Estoy un poco ampliado aquí, pero si reduzco puedes ver que uno de los botones dice Nextflow con el ícono de Nextflow. y eso tiene algunas cosas bonitas aquí para explorar el proyecto y cosas, a las que volveremos más tarde.

Bien. en caso de que pierdas alguno de estos paneles, estos botones en la parte superior derecha son realmente útiles y estos solo muestran y ocultan cosas. Así que eso muestra y oculta el Explorador muestra y oculta el terminal en la parte inferior. Y así sucesivamente.

Voy a usar estos bastante porque estoy muy ampliado, así que intento ayudarte a ver todo el texto en mi pantalla, y por eso es útil poder hacer pantalla completa con el terminal y luego ocultarlo cuando estamos mirando código. Pero la mayor parte del tiempo puedes simplemente tener todo esto abierto al mismo tiempo.

Bien, ¿qué más ver? No mucho más. Nota que Nextflow, como digo, está instalado. Así que puedo escribir "nextflow -version" y debería aparecer diciendo qué versión tenemos instalada.

Hay algunas otras cosas instaladas aquí también. Al final de cada capítulo, tenemos un conjunto de preguntas de cuestionario, por ejemplo, en el sitio web. Y también puedes hacer esas en el terminal si quieres escribiendo quiz.

Hay algunos otros atajos de teclado que voy a usar, solo en caso de que tengas curiosidad. Por ejemplo, justo entonces presioné cmd+K en mi Mac y eso limpió el terminal, para deshacerme de toda la salida anterior. Así que eso es agradable para mantener las cosas limpias. Si me ves haciendo eso es como lo estoy haciendo.

Y también si eres nuevo/a en el terminal, recuerda que puedes usar tab para autocompletar, lo cual estaré haciendo mucho para autocompletar rutas.

Así que puedo ver en el lado izquierdo aquí que hay una carpeta llamada Hello Nextflow, que es en lo que vamos a trabajar. Si hago "ls" para listar archivos, puedo hacer "hel", presionar tab, autocompleta. Y así esta es una forma muy rápida de completar rutas.

Abriendo solo la carpeta Hello Nextflow

Bien. Esto es genial. Sin embargo, hay muchas cosas en este repositorio.

Están todos los archivos para generar el sitio web, y hay múltiples cursos diferentes aquí, y puedes hacerlo desde esta raíz y simplemente hacer clic en la carpeta "Hello Nextflow". Pero es agradable realmente enfocarse puramente en esto.

Puedes establecer esto como tu espacio de trabajo con un montón de clics por aquí y configurar un directorio de proyecto y cosas. Pero la forma más fácil es escribir code, que es el comando CLI para iniciar VS Code, y luego "hello-nextflow".

Eso abrirá una nueva pestaña del navegador y puedes cerrar la vieja. Y se ve exactamente igual. Pero ahora puedes ver que estamos en este subdirectorio y todos los otros archivos son invisibles, y tenemos una configuración más limpia.

Puedes ver aquí que también el directorio de trabajo actual ahora está dentro de la carpeta Hello Nextflow. Así que agradable y limpio. No necesitamos preocuparnos por estar en el lugar equivocado. Bien.

Nueva sintaxis de Nextflow para 2026

hay una cosa especial que necesito mencionar en este punto. Ahora mismo, a principios de 2026, estamos comenzando a introducir diferentes características en Nextflow, y una de las grandes nuevas es un nuevo analizador de sintaxis de lenguaje dentro de Nextflow.

Básicamente el motor que lee tus archivos de Nextflow y entiende eso, para el tiempo de ejecución. Hay algunos cambios en la sintaxis, y es realmente importante que uses Nextflow con el analizador de sintaxis correcto habilitado.

Dos cosas necesitas para esto. Necesitas una versión actualizada de Nextflow y necesitas asegurarte de que esté habilitado.

Si hago "nextflow -version" nuevamente, verás que el Codespaces está ejecutándose con 25.10.2 y 25.10 es la versión mínima para poder usar estas cosas.

Si estás usando 26.04, que para mí aún no ha salido, pero lo hará pronto. Entonces esto estará ejecutando el nuevo analizador de sintaxis por defecto, y no tienes que hacer nada más.

Pero si estás ejecutando 25.10, necesitas habilitar el analizador de sintaxis estricto, como se llama, o analizador de sintaxis v2.

Esto se hace con una variable de entorno. Ya está configurada en el Codespaces, así que no necesitas hacer nada. Pero si estás ejecutando localmente, necesitas configurar esto, y puedo verificar esto haciendo "echo $NXF_SYNTAX_PARSER", y debería estar configurado en v2.

Así que si estás ejecutando localmente, simplemente haz "export NXF_SYNTAX_PARSER=v2". Así de simple. Pero recuerda hacer eso. porque de lo contrario vas a ver algunas discrepancias extrañas y errores a medida que avanzamos.

Si tienes alguna duda sobre cualquiera de estas cosas alrededor de la versión de Nextflow y el analizador de sintaxis, en primer lugar, recuerda, no necesitas preocuparte si estás en Codespaces. Todo debería estar configurado correctamente. Pero en segundo lugar, si vas al material de capacitación de Nextflow, si vas hacia abajo, habla sobre los requisitos de versión, hay un enlace aquí que te lleva a la página de ayuda alrededor de explorar versiones, y esto básicamente repasa todo en detalle.

Vale la pena leer esto si tienes un momento. porque ayuda a aclarar cuáles son algunos de los diferentes términos, que podrías escuchar cuando comiences a usar Nextflow. Cosas como DSL1, DSL2, analizador de sintaxis uno, analizador de sintaxis dos, y así sucesivamente. Así que vale la pena solo echarle un vistazo a eso y eso repite algo de lo que acabo de decir.

También es realmente útil si has escrito código de Nextflow previamente y estás regresando para un repaso. Te dice algunas de las cosas que cambian y te enlaza a partes de la documentación de Nextflow, que te dice cómo actualizar tu código de Nextflow.

Archivos del curso

Bien. Lo último para familiarizarnos es solo ver los archivos, que están en este directorio. Puedes mirar en la barra lateral o a menudo en el material de capacitación, usamos el comando tree, -L, que es el número de niveles en los que mirar. Diremos dos, y si hago esto a pantalla completa, verás que esto básicamente refleja exactamente lo que vemos en la barra lateral allí, pero excluye archivos ocultos, que comienzan con un punto.

Entonces los archivos *.nf, significa Nextflow. Así que estos son los archivos de script de Nextflow, y hay un archivo de inicio aquí para cada uno de los diferentes capítulos del material de capacitación, que abriremos y exploraremos y luego editaremos.

Cambiaremos estos archivos a medida que avanzamos, y así al final de cada capítulo, los archivos deberían verse prácticamente igual que el inicio del capítulo para el siguiente. Pero te damos estos diferentes archivos para que siempre puedas comenzar de nuevo y no preocuparte demasiado por estropear la sintaxis.

Si necesitas comparar con algo que definitivamente debería funcionar. Puedes verificar en la carpeta de soluciones, y esto es como un estado final para cada uno de los capítulos, para que puedas comparar lo que has escrito contra lo que está allí.

Hay un directorio de datos. Este tiene solo un archivo greetings.csv, que usaremos como ejemplo, datos de entrada en parte del curso, y cosas como un archivo de configuración y algunos parámetros, que describiremos más adelante en el curso.

Conclusión

Bien, así que ahora con suerte todo está funcionando. Tu pantalla se ve igual que la mía y entiendes cómo acceder a todo y cuáles son todos los diferentes archivos.

Si te desplazas hacia abajo hasta la parte inferior de la página en primeros pasos, pequeña casilla de verificación deberías decir que entiendo lo que estoy haciendo. Mi entorno está funcionando y has configurado tu directorio de trabajo correctamente a la carpeta "Hello Nextflow".

Si has marcado todos esos y se ven verdes. Podemos continuar al siguiente video y al siguiente capítulo, que es la parte uno. Hello World. Nos vemos en un momento.