Résumé du cours¶
Traduction assistée par IA - en savoir plus et suggérer des améliorations
Félicitations pour avoir terminé le cours de formation Nextflow pour la génomique ! 🎉
Votre parcours¶
Vous avez commencé par exécuter manuellement des outils d'appel de variants dans le terminal pour comprendre la méthodologie. Ensuite, vous avez construit un pipeline Nextflow pour un seul échantillon afin d'automatiser le processus, vous l'avez adapté pour traiter plusieurs échantillons en parallèle, et vous avez ajouté le génotypage conjoint multi-échantillons en utilisant des opérateurs de canaux.
Ce que vous avez construit¶
- Un pipeline d'appel de variants qui prend des fichiers BAM en entrée et produit des VCF appelés conjointement en sortie.
- Trois processus (
SAMTOOLS_INDEX,GATK_HAPLOTYPECALLERetGATK_JOINTGENOTYPING) stockés dans des fichiers de modules séparés. - Le pipeline parallélise automatiquement le traitement des échantillons en entrée grâce au paradigme de flux de données de Nextflow.
- Les résultats sont publiés dans un répertoire appelé
results/.
Compétences acquises¶
Grâce à ce cours pratique, vous avez appris à :
- Écrire un workflow linéaire pour appliquer l'appel de variants à un seul échantillon
- Gérer de manière appropriée les fichiers accessoires tels que les fichiers d'index et les ressources du génome de référence
- Exploiter le paradigme de flux de données de Nextflow pour paralléliser l'appel de variants par échantillon
- Implémenter l'appel conjoint multi-échantillons en utilisant les opérateurs de canaux pertinents
Vous êtes maintenant équipé·e pour commencer à appliquer Nextflow aux workflows d'analyse génomique dans votre propre travail.
Prochaines étapes pour développer vos compétences¶
Voici nos principales suggestions pour la suite :
- Appliquez Nextflow à d'autres cas d'usage d'analyse scientifique avec Nextflow for Science
- Démarrez avec nf-core avec Hello nf-core
- Explorez des fonctionnalités Nextflow plus avancées avec les Quêtes secondaires
Enfin, nous vous recommandons de découvrir Seqera Platform, une plateforme cloud développée par les créateurs de Nextflow qui facilite encore davantage le lancement et la gestion de vos workflows, ainsi que la gestion de vos données et l'exécution d'analyses de manière interactive dans n'importe quel environnement.
Obtenir de l'aide¶
Pour les ressources d'aide et le support de la communauté, consultez la page d'aide.
Questionnaire de satisfaction¶
Avant de continuer, veuillez prendre une minute pour compléter le questionnaire du cours ! Vos retours nous aident à améliorer nos supports de formation pour tout le monde.