과정 요약¶

Nextflow for Genomics 교육 과정을 완료하신 것을 축하합니다! 🎉

여러분의 여정¶

터미널에서 변이 호출 도구를 수동으로 실행하여 방법론을 이해하는 것으로 시작했습니다. 그런 다음 프로세스를 자동화하기 위해 단일 샘플 Nextflow 파이프라인을 구축하고, 여러 샘플을 병렬로 처리하도록 확장했으며, 채널 연산자를 사용하여 다중 샘플 공동 유전형 분석을 추가했습니다.

구축한 내용¶

BAM 파일을 입력으로 받아 공동 호출된 VCF를 출력으로 생성하는 변이 호출 파이프라인.
별도의 모듈 파일에 저장된 세 개의 프로세스(SAMTOOLS_INDEX, GATK_HAPLOTYPECALLER, GATK_JOINTGENOTYPING).
Nextflow의 데이터플로우 패러다임을 사용하여 입력 샘플 처리를 자동으로 병렬화하는 파이프라인.
results/ 디렉토리에 게시되는 결과.

습득한 기술¶

이 실습 과정을 통해 다음 방법을 학습했습니다:

단일 샘플에 변이 호출을 적용하는 선형 워크플로우 작성
인덱스 파일 및 참조 게놈 리소스와 같은 보조 파일을 적절하게 처리
Nextflow의 데이터플로우 패러다임을 활용하여 샘플별 변이 호출 병렬화
관련 채널 연산자를 사용하여 다중 샘플 공동 호출 구현

이제 여러분은 자신의 작업에서 유전체학 분석 워크플로우에 Nextflow를 적용할 준비가 되었습니다.

기술을 향상시키기 위한 다음 단계¶

다음으로 할 일에 대한 주요 제안 사항은 다음과 같습니다:

Nextflow for Science로 다른 과학 분석 사용 사례에 Nextflow 적용
Hello nf-core로 nf-core 시작하기
Side Quests로 더 고급 Nextflow 기능 탐색

마지막으로, Nextflow 제작자가 개발한 클라우드 기반 플랫폼인 Seqera Platform을 살펴보시기를 권장합니다. 이 플랫폼을 사용하면 워크플로우를 더욱 쉽게 시작하고 관리할 수 있으며, 데이터를 관리하고 모든 환경에서 대화형으로 분석을 실행할 수 있습니다.

도움 받기¶

도움 리소스 및 커뮤니티 지원에 대해서는 도움말 페이지를 참조하세요.

피드백 설문조사¶

다음 단계로 넘어가기 전에 잠시 시간을 내어 과정 설문조사를 완료해 주세요! 여러분의 피드백은 모두를 위한 교육 자료를 개선하는 데 도움이 됩니다.

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