RNAseq을 위한 Nextflowcourse¶
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과정 요약
AI 지원 번역 - 자세히 알아보기 및 개선 제안
실제 전사체학 사용 사례에 Nextflow를 적용하는 실습 과정: Trim Galore, HISAT2 및 FastQC를 사용한 bulk RNAseq 처리.
이 과정은 Hello Nextflow 초급 교육을 기반으로 하며 bulk RNAseq 분석의 특정 맥락에서 Nextflow를 사용하는 방법을 보여줍니다. 어댑터 서열을 트리밍하고, 리드를 게놈 참조에 정렬하며, 여러 단계에서 품질 관리(QC)를 수행하는 처리 파이프라인을 구현하게 됩니다.
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추가 정보
기술 요구사항
GitHub 계정 또는 Nextflow 로컬 설치가 필요합니다. 자세한 내용은 환경 옵션을 참조하세요.
학습 목표
- 기본 RNAseq 처리 및 QC 방법을 적용하는 선형 워크플로우 작성하기
- FASTQ 및 참조 게놈 리소스와 같은 도메인별 파일을 적절하게 처리하기
- 단일 말단 및 쌍 말단 시퀀싱 데이터 처리하기
- Nextflow의 데이터 플로우 패러다임을 활용하여 샘플별 RNAseq 처리를 병렬화하기
- 관련 채널 연산자를 사용하여 여러 단계와 샘플에 걸쳐 QC 리포트를 집계하기
대상 및 선수조건
- 대상: 이 과정은 데이터 분석 파이프라인을 개발하거나 맞춤화하는 데 관심이 있는 전사체학 및 관련 분야의 연구자를 위한 것입니다.
- 기술: 명령줄, 기본 스크립팅 개념 및 일반적인 RNAseq 파일 형식에 대한 어느 정도의 친숙함을 가정합니다.
- 전제 조건: Hello Nextflow에서 다룬 기본적인 Nextflow 개념 및 도구.
과정 개요¶
이 과정은 실습 중심이며, 정보를 단계적으로 소개하도록 구성된 목표 지향적 연습으로 이루어져 있습니다.
먼저 터미널에서 처리 도구를 수동으로 실행하여 방법론을 이해한 다음, 분석을 자동화하고 확장하는 Nextflow 파이프라인을 점진적으로 구축하게 됩니다.
학습 계획¶
이 과정은 RNAseq 사용 사례에 Nextflow를 적용하는 특정 측면에 초점을 맞춘 세 부분으로 나뉩니다.
| 과정 챕터 | 요약 | 예상 소요 시간 |
|---|---|---|
| 파트 1: 방법 개요 | RNAseq 처리 방법론을 이해하고 도구를 수동으로 실행하기 | 30분 |
| 파트 2: 단일 샘플 구현 | 단일 샘플을 트리밍, 정렬 및 QC하는 파이프라인을 구축한 다음 여러 샘플을 처리하도록 확장하기 | 60분 |
| 파트 3: 다중 샘플 쌍 말단 구현 | 쌍 말단 데이터를 처리하고 샘플 전체에 걸쳐 QC 리포트를 집계하도록 파이프라인 확장하기 | 45분 |
이 과정을 마치면 일반적인 RNAseq 사용 사례에 기본적인 Nextflow 개념과 도구를 적용할 수 있게 됩니다.
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