과정 요약¶
AI 지원 번역 - 자세히 알아보기 및 개선 제안
Nextflow for RNAseq 교육 과정을 완료하신 것을 축하드립니다!
여러분의 여정¶
터미널에서 RNAseq 처리 도구를 수동으로 실행하여 방법론을 이해하는 것으로 시작했습니다. 그런 다음 프로세스를 자동화하기 위해 단일 샘플 Nextflow 파이프라인을 구축하고, 여러 샘플을 병렬로 처리하도록 확장했으며, paired-end 데이터를 처리하고 샘플 전체에 걸쳐 QC 보고서를 집계하도록 확장했습니다.
구축한 내용¶
- FASTQ 파일을 입력으로 받아 트리밍된 리드, 정렬 및 집계된 QC 보고서를 출력으로 생성하는 RNAseq 처리 파이프라인
- 별도의 모듈 파일에 저장된 트리밍(Trim Galore), 정렬(HISAT2), 품질 관리(FastQC) 및 보고서 집계(MultiQC)를 위한 프로세스
- Nextflow의 데이터플로우 패러다임을 사용하여 입력 샘플 처리를 자동으로 병렬화하는 파이프라인
- paired-end 시퀀싱 데이터를 처리하는 최종 파이프라인
습득한 기술¶
이 실습 과정을 통해 다음 방법을 배웠습니다:
- 기본 RNAseq 처리 및 QC 방법을 적용하기 위한 선형 워크플로우 작성
- FASTQ 및 참조 게놈 리소스와 같은 도메인별 파일을 적절하게 처리
- single-end 및 paired-end 시퀀싱 데이터 처리
- Nextflow의 데이터플로우 패러다임을 활용하여 샘플별 RNAseq 처리 병렬화
- 관련 채널 연산자를 사용하여 여러 단계 및 샘플에 걸쳐 QC 보고서 집계
이제 여러분은 자신의 작업에서 RNAseq 분석 워크플로우에 Nextflow를 적용할 준비가 되었습니다.
기술 향상을 위한 다음 단계¶
다음에 수행할 작업에 대한 주요 권장 사항은 다음과 같습니다:
- Nextflow for Science를 통해 다른 과학적 분석 사용 사례에 Nextflow 적용
- Hello nf-core로 nf-core 시작하기
- Side Quests로 더 고급 Nextflow 기능 탐색
마지막으로, Nextflow 창시자들이 개발한 클라우드 기반 플랫폼인 Seqera Platform을 살펴보시기를 권장합니다. 이 플랫폼은 워크플로우를 더욱 쉽게 시작하고 관리할 수 있으며, 모든 환경에서 데이터를 관리하고 분석을 대화형으로 실행할 수 있습니다.
도움 받기¶
도움 리소스 및 커뮤니티 지원에 대해서는 도움말 페이지를 참조하십시오.
피드백 설문조사¶
다음 단계로 넘어가기 전에 잠시 시간을 내어 과정 설문조사를 완료해 주십시오! 여러분의 피드백은 모든 사람을 위한 교육 자료를 개선하는 데 도움이 됩니다.