Lokalne Devcontainers¶

Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia

Jeśli masz lokalną instalację Dockera lub chętnie ją skonfigurujesz, najprostszym sposobem pracy z tymi materiałami w środowisku lokalnym jest użycie funkcji devcontainer w Visual Studio Code. To podejście zapewnia wszystkie niezbędne narzędzia i zależności bez konieczności ręcznej instalacji.

Wymagania¶

Aby użyć lokalnej konfiguracji devcontainer, będziesz potrzebować:

Visual Studio Code
Lokalnej instalacji Dockera, na przykład:
Docker Desktop (dla Windows/macOS)
Docker Engine (dla Linuksa)
Colima (alternatywa dla macOS)
Docker Buildx (dołączony do Docker Desktop, ale może wymagać osobnej instalacji z innymi konfiguracjami Dockera)
Rozszerzenie Dev Containers dla VS Code

Twoja instalacja Dockera musi być uruchomiona przed próbą otwarcia devcontainera.

Aby sprawdzić, czy Docker buildx jest dostępny, uruchom:

docker buildx version

Jeśli to polecenie nie powiedzie się, musisz zainstalować rozszerzenie buildx przed kontynuowaniem.

Instrukcje konfiguracji¶

Wykonaj poniższe kroki, aby skonfigurować lokalne środowisko za pomocą devcontainerów VS Code:

Zainstaluj rozszerzenie "Dev Containers" w VS Code¶

Otwórz VS Code
Przejdź do Extensions (Ctrl+Shift+X lub Cmd+Shift+X na macOS)
Wyszukaj "Dev Containers"
Kliknij "Install"

Installing Dev Containers extension in VS Code

Sklonuj repozytorium:¶

git clone https://github.com/nextflow-io/training.git
cd training

Otwórz repozytorium w VS Code:¶

Uruchom VS Code
Wybierz File -> Open Folder z menu
Przejdź do folderu repozytorium szkoleniowego, który właśnie sklonowałeś, i wybierz go
Kliknij Open

Otwórz ponownie w kontenerze¶

Jeśli VS Code wyświetli monit "Reopen in Container", kliknij go. Alternatywnie:

Naciśnij F1 (lub Ctrl+Shift+P / Cmd+Shift+P na macOS)
Wpisz "Dev Containers: Reopen in Container"
Ważne: Gdy pojawi się monit o wybór konfiguracji, wybierz konfigurację devcontainera local-dev

Reopen in Container prompt

Selecting local configuration

Poczekaj, aż kontener się zbuduje. Za pierwszym razem może to zająć kilka minut, ponieważ pobiera i konfiguruje wszystkie niezbędne komponenty.

Po zbudowaniu i uruchomieniu kontenera będziesz mieć w pełni skonfigurowane środowisko ze wszystkimi niezbędnymi narzędziami, w tym:

Java
Nextflow
Docker
Git
I wszystkie inne zależności wymagane do szkolenia

VS Code with devcontainer running

Zalety korzystania z devcontainerów¶

Korzystanie z podejścia devcontainer oferuje kilka zalet:

Spójność: Zapewnia spójne środowisko programistyczne na różnych maszynach
Prostota: Wszystkie zależności są preinstalowane i skonfigurowane
Izolacja: Środowisko programistyczne jest odizolowane od Twojego lokalnego systemu
Powtarzalność: Każdy korzystający z devcontainera otrzymuje taką samą konfigurację
Brak ręcznej instalacji: Nie ma potrzeby samodzielnego instalowania Javy, Nextflow'a i innych narzędzi

Sprawdzanie środowiska¶

Po uruchomieniu devcontainera możesz sprawdzić, czy wszystko jest poprawnie skonfigurowane, uruchamiając:

nextflow info

Powinno to wyświetlić wersję Nextflow'a i informacje o środowisku wykonawczym, potwierdzając, że Twoje środowisko jest poprawnie skonfigurowane.

Rozwiązywanie problemów¶

Jeśli napotkasz problemy z konfiguracją devcontainera:

Upewnij się, że Twoja instalacja Dockera (Docker Desktop, Colima, Docker Engine itp.) jest uruchomiona przed otwarciem devcontainera
Sprawdź, czy wybrałeś konfigurację local-dev, gdy pojawił się monit
Zweryfikuj, czy Docker buildx jest zainstalowany i działa, uruchamiając docker buildx version
Jeśli kontener nie zbuduje się, spróbuj go przebudować, uruchamiając polecenie "Dev Containers: Rebuild Container"
W przypadku trwałych problemów zapoznaj się z przewodnikiem rozwiązywania problemów VS Code Dev Containers