Pierwsze kroki¶

Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia

Uruchom środowisko szkoleniowe¶

Aby skorzystać z gotowego środowiska, które udostępniamy na GitHub Codespaces, kliknij przycisk „Open in GitHub Codespaces" poniżej. Inne opcje znajdziesz w sekcji Opcje środowiska.

Zalecamy otwarcie środowiska szkoleniowego w nowej karcie lub oknie przeglądarki (użyj kliknięcia prawym przyciskiem myszy, ctrl+kliknięcie lub cmd+kliknięcie w zależności od Twojego sprzętu), abyś mógł/mogła czytać instrukcje podczas ładowania środowiska. Musisz mieć te instrukcje otwarte równolegle, aby przejść przez kurs.

Podstawy środowiska¶

To środowisko szkoleniowe zawiera wszystkie niezbędne oprogramowanie, kod i dane potrzebne do przejścia przez kurs, więc nie musisz niczego instalować samodzielnie.

Codespace jest skonfigurowany z interfejsem VSCode, który obejmuje eksplorator systemu plików, edytor kodu i terminal powłoki. Wszystkie instrukcje podawane podczas kursu (np. „otwórz plik", „edytuj kod" lub „uruchom to polecenie") odnoszą się do tych trzech części interfejsu VSCode, chyba że zaznaczono inaczej.

Jeśli przechodzisz przez ten kurs samodzielnie, zapoznaj się z podstawami środowiska, aby uzyskać więcej szczegółów.

Wymagania dotyczące wersji¶

To szkolenie jest przeznaczone dla Nextflow'a w wersji 25.10.2 lub nowszej z WŁĄCZONYM parserem składni v2. Jeśli korzystasz z lokalnego lub niestandardowego środowiska, upewnij się, że używasz prawidłowych ustawień zgodnie z dokumentacją tutaj.

Przygotuj się do pracy¶

Gdy Twój codespace już działa, musisz wykonać dwie czynności przed rozpoczęciem szkolenia: ustawić katalog roboczy dla tego konkretnego kursu i przyjrzeć się udostępnionym materiałom.

Ustaw katalog roboczy¶

Domyślnie codespace otwiera się z katalogiem roboczym ustawionym w katalogu głównym wszystkich kursów szkoleniowych, ale w tym kursie będziemy pracować w katalogu nf4-science/genomics/.

Zmień teraz katalog, uruchamiając to polecenie w terminalu:

cd nf4-science/genomics/

Możesz ustawić VSCode tak, aby skupił się na tym katalogu, dzięki czemu tylko odpowiednie pliki będą widoczne w pasku bocznym eksploratora plików:

code .

Wskazówka

Jeśli z jakiegokolwiek powodu wyjdziesz z tego katalogu (np. Twój codespace przejdzie w stan uśpienia), zawsze możesz użyć pełnej ścieżki, aby do niego wrócić, zakładając, że pracujesz w środowisku szkoleniowym Github Codespaces:

cd /workspaces/training/nf4-science/genomics

Teraz przyjrzyjmy się zawartości.

Przejrzyj udostępnione materiały¶

Możesz przeglądać zawartość tego katalogu, korzystając z eksploratora plików po lewej stronie obszaru roboczego szkolenia. Alternatywnie możesz użyć polecenia tree.

W trakcie kursu używamy wyniku polecenia tree do przedstawienia struktury katalogów i ich zawartości w czytelnej formie, czasami z niewielkimi modyfikacjami dla przejrzystości.

Tutaj generujemy spis treści do drugiego poziomu w dół:

tree . -L 2

Zawartość katalogu

.
├── data
│   ├── bam
│   ├── ref
│   └── samplesheet.csv
├── genomics.nf
├── modules
│   ├── gatk_haplotypecaller.nf
│   ├── gatk_jointgenotyping.nf
│   └── samtools_index.nf
├── nextflow.config
└── solutions
    ├── part2
    └── part3

7 directories, 6 files

Kliknij na kolorowe pole, aby rozwinąć sekcję i zobaczyć jej zawartość. Używamy takich zwijanych sekcji, aby wyświetlać oczekiwane wyniki poleceń, a także zawartość katalogów i plików w zwięzły sposób.

Plik genomics.nf to szkielet skryptu workflow'a, który będziesz rozbudowywać w miarę przechodzenia przez kurs.
Katalog modules zawiera szkielety modułów procesów, które wypełnisz podczas kursu.
Plik nextflow.config to plik konfiguracyjny, który ustawia minimalne właściwości środowiska. Na razie możesz go zignorować.
Katalog data zawiera dane wejściowe i powiązane zasoby, opisane później w kursie.
Katalog solutions zawiera ukończone skrypty workflow'ów i moduły, które powstają w wyniku każdego kroku kursu. Są one przeznaczone do użycia jako punkt odniesienia do sprawdzenia Twojej pracy i rozwiązywania ewentualnych problemów. Rozwiązanie Części 2 może służyć jako punkt wyjścia do Części 3.

Lista kontrolna gotowości¶

Myślisz, że jesteś gotowy/gotowa, aby zacząć?

Rozumiem cel tego kursu i jego wymagania wstępne
Moje środowisko działa
Ustawiłem/ustawiłam odpowiednio mój katalog roboczy

Jeśli możesz zaznaczyć wszystkie pola, możesz zaczynać.

Aby przejść do Części 1: Przegląd metody, kliknij strzałkę w prawym dolnym rogu tej strony.