Nextflow dla RNAseqcourse¶

Podsumowanie kursu

Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia

Praktyczny kurs stosowania Nextflow'a w rzeczywistym przypadku użycia z dziedziny transkryptomiki: przetwarzanie masowego RNAseq przy użyciu Trim Galore, HISAT2 i FastQC.

Ten kurs opiera się na szkoleniu dla początkujących Hello Nextflow i demonstruje, jak używać Nextflow'a w konkretnym kontekście analizy masowego RNAseq. Zaimplementujesz pipeline przetwarzania, który przycina sekwencje adapterów, dopasowuje odczyty do genomu referencyjnego i przeprowadza kontrolę jakości (QC) na kilku etapach.
Dodatkowe informacje

Wymagania techniczne

Będziesz potrzebować konta GitHub LUB lokalnej instalacji Nextflow'a. Szczegóły znajdziesz w Opcjach środowiska.
Cele szkoleniowe
- Napisać liniowy workflow do zastosowania podstawowych metod przetwarzania i QC dla RNAseq
- Odpowiednio obsługiwać pliki specyficzne dla dziedziny, takie jak FASTQ i zasoby genomu referencyjnego
- Obsługiwać dane sekwencjonowania single-end i paired-end
- Wykorzystać paradygmat przepływu danych Nextflow'a do zrównoleglenia przetwarzania RNAseq na poziomie próbek
- Agregować raporty QC z wielu etapów i próbek przy użyciu odpowiednich operatorów kanałów
Odbiorcy i wymagania wstępne
- Odbiorcy: Ten kurs jest przeznaczony dla badaczy w dziedzinie transkryptomiki i pokrewnych obszarów, którzy chcą tworzyć lub dostosowywać pipeline'y analizy danych.
- Umiejętności: Zakładamy pewną znajomość linii poleceń, podstawowych koncepcji skryptowania oraz powszechnych formatów plików RNAseq.
- Wymagania wstępne: Podstawowe koncepcje i narzędzia Nextflow omówione w Hello Nextflow.

Przegląd kursu¶

Ten kurs jest praktyczny, z ćwiczeniami zorientowanymi na cel, ustrukturyzowanymi tak, aby stopniowo wprowadzać informacje.

Zaczniesz od ręcznego uruchamiania narzędzi przetwarzania w terminalu, aby zrozumieć metodologię, a następnie stopniowo zbudujesz pipeline Nextflow'a, który automatyzuje i skaluje analizę.

Plan lekcji¶

Podzieliliśmy to na trzy części, z których każda koncentruje się na konkretnych aspektach stosowania Nextflow'a w przypadku użycia RNAseq.

Rozdział kursu	Podsumowanie	Szacowany czas
Część 1: Przegląd metody	Zrozumienie metodologii przetwarzania RNAseq i ręczne uruchamianie narzędzi	30 min
Część 2: Implementacja dla pojedynczej próbki	Budowanie pipeline'u, który przycina, dopasowuje i przeprowadza QC pojedynczej próbki, a następnie skaluje do wielu próbek	60 min
Część 3: Implementacja dla wielu próbek paired-end	Rozszerzenie pipeline'u o obsługę danych paired-end i agregację raportów QC z wielu próbek	45 min

Pod koniec tego kursu będziesz w stanie zastosować podstawowe koncepcje i narzędzia Nextflow do typowego przypadku użycia RNAseq.

Gotowy, aby rozpocząć kurs?

Zacznij