Orientação - Transcrição do Vídeo

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Nota importante

Esta página mostra apenas a transcrição. Para instruções completas passo a passo, retorne ao material do curso.

Boas-vindas

Olá, e bem-vindo ao Hello Nextflow. Meu nome é Phil Ewels. Sou Gerente de Produto para Software de Código Aberto na Seqera, a empresa por trás do Nextflow.

Este curso é uma introdução prática à construção de fluxos de trabalho com Nextflow. Ele foi desenvolvido para pessoas que são completamente novas no Nextflow e querem desenvolver seus próprios pipelines.

Os exemplos são todos de processamento simples de texto, para que você possa se concentrar nos conceitos do Nextflow sem precisar de expertise no domínio, apenas alguma familiaridade com a linha de comando.

Vamos passar pelos fundamentos do Nextflow: escrever processos, conectá-los em fluxos de trabalho de múltiplas etapas, gerenciar dependências de software com contêineres e configurar pipelines para diferentes ambientes computacionais. No final, você terá construído um pipeline funcional do zero.

Este curso foca no desenvolvimento de pipelines. Se você quer apenas executar pipelines existentes sem se aprofundar muito no código, temos um curso mais curto "Nextflow Run" que pode ser mais adequado para você.

Uma vez que você tenha dominado os fundamentos aqui, também temos cursos complementares que aplicam esses conceitos à análise científica real. Vamos ensinar você a usar os pipelines e as melhores práticas da comunidade nf-core.

Se você ficar travado, vá para community.seqera.io. Há um fórum ativo da comunidade lá com uma seção dedicada apenas para questões de treinamento. Você pode usá-lo a qualquer momento, no entanto, também realizamos semanas de treinamento trimestrais com pessoas disponíveis especificamente para ajudar. Então, se você está fazendo o treinamento durante uma dessas, definitivamente não seja tímido e peça ajuda.

Você também pode tentar pedir ajuda ao Seqera AI. Ele é ótimo para explicar código Nextflow e ajudá-lo com debugging.

Quando você estiver pronto para executar Nextflow em escala, Seqera Platform é o melhor lugar para fazer isso. Ele é executado em sua infraestrutura sem qualquer dependência de fornecedor, com tudo desde lançamento de pipeline até monitoramento em tempo real, até ambientes de análise interativa. Mas por enquanto, vamos apenas focar nos fundamentos.

Certo, vamos começar.

training.nextflow.io

Ok. A primeira coisa a notar é que todos os cursos de treinamento em training.nextflow.io são muito interativos. A ideia é que você siga o material de treinamento e minhas instruções, e passamos pelo material de treinamento juntos. Então você vai precisar de duas coisas: você vai precisar do seu laptop e você vai precisar deste site aberto. E isso é praticamente tudo.

Então esta é a página inicial como ela aparece hoje quando gravo isso. Você pode ver que há uma visão geral das diferentes coisas, o contexto e os diferentes cursos que temos, e a lista está crescendo o tempo todo.

Nextflow for newcomers é onde estamos. Há dois cursos dentro dele, Nextflow Run, que é um curso diferente, e o Hello Nextflow, que é o que nos interessa.

E você também pode ver todos os diferentes cursos na barra lateral. Posso pular para Hello Nextflow, e podemos ver todos os diferentes capítulos que vamos trabalhar juntos.

Há algumas outras coisas importantes a notar aqui. Primeiro, o material de treinamento é versionado, então você pode ver aqui em cima. Diz 3.0 latest, que no momento em que estou gravando é a versão estável mais recente. Isso vai mudar com o tempo. Lançamos novos cursos e atualizamos o material ao longo do tempo. Então, se for 3.1 ou 3.2, não se preocupe muito. Se for 4.0, então provavelmente há um novo vídeo, e você deveria talvez ir e encontrá-lo porque provavelmente haverá atualizações significativas.

Outro dropdown no topo é este, de idioma. Agora isso é completamente novo para a versão 3.0. Pegamos o material anteriormente traduzido, que foi feito por humanos, manualmente, e passamos isso para um LLM e configuramos toda essa nova infraestrutura para manter diferentes traduções do material de treinamento usando tradução LLM.

Então agora temos todas essas traduções fantásticas aqui. Então, se você quiser ouvir em coreano, você pode carregar o site inteiro em coreano. E seguir por lá. O mesmo para todos esses outros idiomas, hindi e alemão e assim por diante. Vou seguir em inglês. Essa é a língua principal na qual escrevemos o material.

Alguns outros botões, se você gosta de ter o modo claro. Em vez do modo escuro, você pode seguir o site no modo claro aqui no topo.

E então também tudo que olhamos está em um único repositório GitHub, que é de código aberto, chamado nextflow-io/training. E se você clicar neste botão a qualquer momento, ele irá para o repositório GitHub. Voltaremos a isso em um minuto.

Configurando GitHub Codespaces

Ok, então agora você tem isso aberto na aba do navegador. Vamos para Hello Nextflow e clique. Você pode ver na página de introdução, ele nos diz alguns dos requisitos, a visão geral e o plano de aula do que vamos cobrir aproximadamente, e então vamos mergulhar em começar.

Há diferentes maneiras de fazer este tutorial interativo. Se você estiver confortável, você pode fazer isso localmente em seu próprio computador com sua própria instalação do Nextflow. Se clicarmos em Environment Options, você pode ver que há mais detalhes sobre como fazer isso usando Devcontainers locais ou você também pode simplesmente instalar todo o software localmente, com instalação manual.

Estamos trabalhando para fazer isso funcionar bem com Seqera Studios, então essa é outra opção. Mas a mais comum agora é usar GitHub Codespaces.

Codespaces configura um ambiente sandbox em um servidor remoto executado pelo GitHub. E é gratuito para uma certa quantidade de uso, que geralmente é suficiente para treinamento. E vai configurar você com uma instância VS Code, um IDE onde você pode acessar todos os arquivos do repositório, executar Nextflow e tudo. E pré-configuramos Codespaces para você. Então ele tem tudo que você precisa.

A beleza disso é que é apenas um clique para configurar um Codespace. É o mesmo para todos, e sabemos que você já tem todos os pré-requisitos instalados, então é rápido e prático.

Então a primeira coisa a fazer é ir para "Getting Started". Procure este botão, que diz Open in Codespaces. Vou fazer command + clique nele para abrir em uma nova aba, e ele nos leva para o GitHub.

É assim que parece. Podemos ver, já definimos todas as opções aqui para você. Se você quiser, pode clicar em change options. Algumas coisas que você pode fazer aqui. Você pode dar uma máquina de instância maior, por exemplo, se você descobrir que ela trava porque fica sem memória ou algo assim. Ou definir versões específicas do material de treinamento. Mas geralmente você pode apenas ir com o que configuramos aqui e você pode ver. Neste caso está usando a versão 3.0.

Então vou clicar em create new Codespace. E isso me leva para dentro.

Note também, diz no Codespace to resume lá. Se eu criei um Codespace anteriormente, clicar naquele botão novamente no material de treinamento vai me levar para a mesma página e vai listar todos os Codespaces que já tenho em execução. Então você pode simplesmente pular direto de volta para eles e continuar de onde parou. Então não importa se você fechou seu laptop.

Eles automaticamente se desligam após alguns minutos de inatividade, mas não é problema. Você pode apenas reiniciá-los.

Uma vez que você inicie um novo Codespace, ele vai ficar nesta página assim e vai carregar por um bom tempo. Então agora é um bom momento para fazer uma pausa rápida. Talvez você tenha esquecido de ir ao banheiro ou você quer uma xícara de chá antes de começarmos? Vá agora enquanto você está esperando por isso, porque vai girar lá por um tempo.

Rapidamente enquanto esperamos carregar, também vou em github.com/codespaces e apenas mostrar que esta é a página de visão geral onde você pode ver todos os diferentes Codespaces que você tem em execução no momento.

Você pode ver que tenho um aqui para nextflow-io/training. Sem alterações, porque não fiz nada nele ainda. A quantidade de recursos que está usando, e você pode ver no momento está configurando. Posso ir aqui, clicar neste pequeno dropdown e clicar em delete. Então, se você acidentalmente configurar múltiplos Codespaces e não estiver usando alguns, você pode deletar os antigos e limpar.

Finalmente, mais uma maneira de entrar nisso. Se formos ao repositório GitHub. E isso funciona para qualquer repositório GitHub. Clique em code. Você pode ter comandos para clonar o repositório localmente. E há uma aba chamada Codespaces. E novamente, você pode criar um novo, e você pode ver os que já estão em execução.

Então novamente, se você esquecer como criou seu Codespace, você sempre pode voltar a ele desta forma.

A interface VS Code

Ok, a construção terminou e agora está começando a carregar o GitHub Codespaces. Nem sempre leva tanto tempo, então não se preocupe. É apenas a primeira vez que você cria o Codespace. Se você pular de volta para um que já existe, é muito mais rápido.

Não seja muito impaciente se esta é a primeira vez, ainda não terminou, mesmo que esteja começando a nos dar uma interface.

Mas enquanto esperamos as coisas finais serem configuradas, vou apenas levá-lo através da interface caso você esteja um pouco não familiarizado com VS Code.

Primeiro, há a barra lateral de chat para coisas de IA, que não precisamos. Então vou fechar isso, me livrar disso e liberar algum espaço.

No lado esquerdo, temos o explorador de arquivos que nos mostra todos os arquivos no repositório Git, que é o workspace que criamos. Note, estes não são arquivos locais. Isso está tudo no servidor remoto onde estamos trabalhando. Você pode arrastar e soltar arquivos locais e coisas, mas na maior parte, não vamos pensar nisso hoje. Estamos apenas trabalhando puramente remotamente.

Há outras ferramentas nesta barra lateral, por exemplo, busca. Então você pode buscar todos os arquivos em um repositório de uma só vez. E se estivéssemos fazendo trabalho de desenvolvimento no repositório de treinamento, poderíamos fazer integração com controle de código com Git e debugging e outras coisas.

Outras coisas são, há uma janela principal de edição de código aqui em cima, que acabou de carregar uma prévia do readme, que é para o material de treinamento. Então neste caso está visualizando markdown, mas normalmente isso será um editor de código.

E então abaixo disso temos o terminal, que é onde vamos executar todos os nossos comandos e interagir diretamente com o Nextflow.

Tudo no Codespace está pré-instalado, então o comando Nextflow já está lá e assim por diante.

Ok. Quando você chegar até aqui, deve estar quase pronto. Você pode ver agora que ele baixou o servidor de linguagem Nextflow e configurou algumas extensões para nós no VS code, incluindo a extensão Nextflow, que vai ser útil. Então posso fechar isso e posso fechar o README.md.

E agora você pode ver que tenho mais alguns no lado esquerdo. Estou um pouco ampliado aqui, mas se eu diminuir o zoom você pode ver que um dos botões diz Nextflow com o ícone do Nextflow. E tem algumas coisas legais aqui para explorar o projeto e coisas, que voltaremos mais tarde.

Ok. caso você perca algum desses painéis, esses botões no canto superior direito são realmente úteis e apenas mostram e ocultam coisas. Então isso mostra e oculta o Explorer, mostra e oculta o terminal na parte inferior. E assim por diante.

Vou usar esses bastante porque estou muito ampliado, então tento ajudá-lo a ver todo o texto na minha tela, e então é útil poder ir em tela cheia com o terminal e então ocultá-lo quando estivermos olhando o código. Mas na maior parte do tempo você pode apenas ter todas essas coisas abertas ao mesmo tempo.

Ok, o que mais olhar? Não muito mais. Note que o Nextflow, como eu disse, está instalado. Então posso digitar "nextflow -version" e deve aparecer dizendo qual versão temos instalada.

Há algumas outras coisas instaladas aqui também. No final de cada capítulo, temos um conjunto de questões de quiz, por exemplo, no site. E você também pode fazer isso no terminal se quiser digitando quiz.

Há alguns outros atalhos de teclado que vou usar, apenas caso você esteja curioso. Por exemplo, agora mesmo pressionei cmd+K no meu Mac e isso limpou o terminal, para se livrar de toda a saída anterior. Então isso é bom para manter as coisas limpas. Se você me ver fazendo isso, é assim que estou fazendo.

E também se você é novo no terminal, lembre-se que você pode usar tab para auto completar, o que vou fazer muito para auto completar caminhos.

Então posso ver no lado esquerdo aqui há uma pasta chamada Hello Nextflow, que é o que vamos trabalhar. Se eu fizer "ls" para listar arquivos, posso fazer "hel", apertar tab, auto completa. E então esta é uma maneira muito rápida de completar caminhos.

Abrindo apenas a pasta Hello Nextflow

Ok. Isso é ótimo. Há muita coisa neste repositório.

Há todos os arquivos para gerar o site, e há múltiplos cursos diferentes aqui, e você pode fazer isso desta rota e apenas clicar na pasta "Hello Nextflow". Mas é bom realmente focar apenas nisso.

Você pode definir isso como seu workspace com um monte de cliques por aqui e definindo um diretório de projeto e coisas. Mas a maneira mais fácil é digitar code, que é o comando CLI para lançar VS Code, e então "hello-nextflow".

Isso abrirá uma nova aba do navegador e você pode fechar a antiga. E parece exatamente o mesmo. Mas agora você pode ver que estamos neste subdiretório e todos os outros arquivos estão invisíveis, e temos uma configuração mais limpa.

Você pode ver aqui que também o diretório de trabalho atual está agora dentro da pasta Hello Nextflow. Então limpo e organizado. Não precisamos nos preocupar em estar no lugar errado. Ok.

Nova Sintaxe Nextflow para 2026

Há uma coisa especial que preciso mencionar neste ponto. Agora, no início de 2026, estamos começando a trazer diferentes recursos para o Nextflow, e um dos grandes novos é um novo parser de sintaxe de linguagem dentro do Nextflow.

Basicamente o motor que lê seus arquivos Nextflow e entende isso, para tempo de execução. Há algumas mudanças na sintaxe, e é realmente importante que você use o Nextflow com o parser de sintaxe correto habilitado.

Duas coisas que você precisa para isso. Você precisa de uma versão atualizada do Nextflow e você precisa ter certeza de que está habilitado.

Se eu fizer "nextflow -version" novamente, você verá que o Codespaces está executando com 25.10.2 e 25.10 é a versão mínima para poder usar essas coisas.

Se você está usando 26.04, que para mim ainda não saiu, mas vai sair em breve. Então isso estará executando o novo parser de sintaxe por padrão, e você não precisa fazer mais nada.

Mas se você está executando 25.10, você precisa habilitar o parser de sintaxe estrita, como é chamado, ou parser de sintaxe v2.

Isso é feito com uma variável de ambiente. Já está definida no Codespaces, então você não precisa fazer nada. Mas se você está executando localmente, você precisa definir isso, e posso verificar isso fazendo "echo $NXF_SYNTAX_PARSER", e deve estar definido como v2.

Então, se você está executando localmente, apenas faça "export NXF_SYNTAX_PARSER=v2". Simples assim. Mas lembre-se de fazer isso. Porque caso contrário você vai ver algumas discrepâncias estranhas e erros conforme avançamos.

Se você está incerto sobre qualquer uma dessas coisas em torno da versão do Nextflow e parser de sintaxe, primeiro, lembre-se, você não precisa se preocupar se você está no Codespaces. Tudo deve estar configurado corretamente. Mas segundo, se você for ao material de treinamento Nextflow, se você descer, falar sobre requisitos de versão, há um link aqui que o leva para a página de ajuda sobre explorar versões, e isso basicamente passa por tudo em detalhes.

Vale a pena ler isso se você tiver um momento. Porque ajuda a esclarecer quais são alguns dos diferentes termos, que você pode ouvir quando começa a usar Nextflow. Coisas como DSL1, DSL2, syntax parser um, syntax parser dois, e assim por diante. Então vale a pena apenas dar uma olhada nisso e isso repete parte do que acabei de dizer.

Também é realmente útil se você escreveu código Nextflow anteriormente e está voltando para uma atualização. Ele diz algumas das coisas que mudam e te leva para partes da documentação Nextflow, que diz como atualizar seu código Nextflow.

Arquivos do curso

Ok. Última coisa para nos familiarizarmos é apenas ver os arquivos, que estão neste diretório. Você pode olhar na barra lateral ou frequentemente no material de treinamento, usamos o comando tree, -L, que é número de níveis para olhar dentro. Vamos dizer dois, e se eu fizer isso em tela cheia, você verá que isso basicamente espelha exatamente o que vemos na barra lateral lá, mas exclui arquivos ocultos, que começam com um ponto.

Então os arquivos *.nf, significa Nextflow. Então esses são os arquivos de script Nextflow, e há um arquivo inicial aqui para cada um dos diferentes capítulos do material de treinamento, que vamos abrir e explorar e então editar.

Vamos alterar esses arquivos conforme avançamos, e então no final de cada capítulo, os arquivos devem estar parecendo praticamente o mesmo que o início do capítulo para o próximo. Mas damos a você esses arquivos diferentes para que você possa sempre começar do zero e não se preocupar muito em bagunçar a sintaxe.

Se você precisar comparar com algo que definitivamente deve funcionar. Você pode verificar na pasta solutions, e este é como um estado final para cada um dos capítulos, então você pode comparar o que você escreveu com o que está lá.

Há um diretório data. Isso tem apenas um arquivo greetings.csv, que usaremos como dados de entrada de exemplo em parte do curso, e coisas como um arquivo de configuração e alguns parâmetros, que descreveremos mais tarde no curso.

Conclusão

Ok, então agora esperançosamente tudo está executando. Sua tela parece igual à minha e você entende como acessar tudo e o que são todos os diferentes arquivos.

Se você rolar para baixo até o final da página em getting started, pequena caixa de seleção você deveria dizer que eu entendo o que estou fazendo. Meu ambiente está funcionando e você definiu, você está no diretório de trabalho corretamente para a pasta "Hello Nextflow".

Se você marcou todas essas e elas parecem verdes. Podemos continuar para o próximo vídeo e o próximo capítulo, que é a parte um. Hello World. Vejo você em um momento.