Nextflow para Imagens¶
Tradução assistida por IA - saiba mais e sugira melhorias
Este curso de treinamento é destinado a pesquisadores em imagens e biologia espacial que estão interessados em executar e personalizar pipelines de análise de dados. Ele ensina conceitos fundamentais do Nextflow relacionados à execução, organização e configuração de workflows usando o nf-core/molkart, um pipeline para processamento de dados de transcriptômica espacial Molecular Cartography. As habilidades que você aprenderá aqui são transferíveis para qualquer pipeline Nextflow ou nf-core.
Vamos começar! Clique no botão "Open in GitHub Codespaces" abaixo para iniciar o ambiente de treinamento (de preferência em uma aba separada), depois continue lendo enquanto ele carrega.
Objetivos de aprendizagem¶
Ao trabalhar neste curso, você aprenderá como aplicar conceitos fundamentais e ferramentas do Nextflow para executar pipelines de análise de imagens.
Ao final deste workshop, você será capaz de:
- Iniciar um workflow Nextflow localmente e monitorar a execução
- Encontrar e interpretar saídas (resultados) e arquivos de log gerados pelo Nextflow
- Executar um pipeline nf-core com dados de teste e entradas personalizadas
- Configurar a execução do pipeline usando perfis e arquivos de parâmetros
- Gerenciar entradas usando samplesheets e parâmetros de linha de comando
Público e pré-requisitos¶
Este curso pressupõe alguma familiaridade mínima com o seguinte:
- Experiência com a linha de comando
- Familiaridade básica com formatos de arquivos de imagem (imagens TIFF, dados tabulares)
Para requisitos técnicos e configuração do ambiente, consulte o mini-curso de Configuração do Ambiente.