Başlarken¶

Yapay zeka destekli çeviri - daha fazla bilgi ve iyileştirme önerileri

Nextflow YouTube kanalında tüm oynatma listesini görün.

Video metni burada mevcuttur.

İpucu

YouTube videolarının süper güçleri var!

Yüksek kaliteli (manuel olarak düzenlenmiş) altyazılar. simgesiyle açabilirsiniz
Sayfa başlıklarına karşılık gelen zaman çizelgesinde video bölümleri.

Eğitim ortamını başlatın¶

GitHub Codespaces üzerinde sağladığımız önceden hazırlanmış ortamı kullanmak için aşağıdaki "Open in GitHub Codespaces" düğmesine tıklayın. Diğer seçenekler için Ortam seçenekleri sayfasına bakın.

Eğitim ortamını yeni bir tarayıcı sekmesinde veya penceresinde açmanızı öneririz (ekipmanınıza bağlı olarak sağ tıklama, ctrl-tıklama veya cmd-tıklama kullanın), böylece ortam yüklenirken okumaya devam edebilirsiniz. Kursu tamamlamak için bu talimatları paralel olarak açık tutmanız gerekecektir.

Ortam temelleri¶

Bu eğitim ortamı, eğitim kursunda çalışmak için gerekli tüm yazılımları, kodları ve verileri içerir, bu nedenle kendiniz herhangi bir şey yüklemenize gerek yoktur.

Codespace, bir dosya sistemi gezgini, bir kod düzenleyici ve bir terminal kabuğu içeren bir VSCode arayüzü ile kurulmuştur. Kurs boyunca verilen tüm talimatlar (örneğin 'dosyayı açın', 'kodu düzenleyin' veya 'bu komutu çalıştırın') aksi belirtilmedikçe VSCode arayüzünün bu üç bölümüne atıfta bulunur.

Bu kursu kendi başınıza çalışıyorsanız, lütfen daha fazla ayrıntı için ortam temelleri ile tanışın.

Sürüm gereksinimleri¶

Bu eğitim, Nextflow 25.10.2 veya sonrası için v2 sözdizimi ayrıştırıcısı ETKİNLEŞTİRİLMİŞ olarak tasarlanmıştır. Yerel veya özel bir ortam kullanıyorsanız, lütfen burada belgelenen doğru ayarları kullandığınızdan emin olun.

Çalışmaya hazırlanın¶

Codespace'iniz çalışmaya başladığında, eğitime dalmadan önce yapmanız gereken iki şey var: bu özel kurs için çalışma dizininizi ayarlayın ve sağlanan materyallere bir göz atın.

Çalışma dizinini ayarlayın¶

Varsayılan olarak, codespace tüm eğitim kurslarının kök dizininde ayarlanmış çalışma dizini ile açılır, ancak bu kurs için hello-nextflow/ dizininde çalışacağız.

Terminalde şu komutu çalıştırarak şimdi dizini değiştirin:

cd hello-nextflow/

VSCode'u bu dizine odaklanacak şekilde ayarlayabilirsiniz, böylece dosya gezgini kenar çubuğunda yalnızca ilgili dosyalar görünür:

code .

İpucu

Herhangi bir nedenle bu dizinden çıkarsanız (örneğin codespace'iniz uyku moduna geçerse), Github Codespaces eğitim ortamında çalıştığınızı varsayarak, her zaman tam yolu kullanarak geri dönebilirsiniz:

cd /workspaces/training/hello-nextflow

Şimdi içeriğe bir göz atalım.

Sağlanan materyalleri keşfedin¶

Bu dizinin içeriğini, eğitim çalışma alanının sol tarafındaki dosya gezginini kullanarak keşfedebilirsiniz. Alternatif olarak, tree komutunu kullanabilirsiniz.

Kurs boyunca, dizin yapısını ve içeriğini okunabilir bir biçimde temsil etmek için tree çıktısını kullanırız, bazen netlik için küçük değişikliklerle.

Burada ikinci seviyeye kadar bir içindekiler tablosu oluşturuyoruz:

tree . -L 2

Dizin içeriği

.
├── data
│   └── greetings.csv
├── hello-channels.nf
├── hello-config.nf
├── hello-containers.nf
├── hello-modules.nf
├── hello-workflow.nf
├── hello-world.nf
├── nextflow.config
├── solutions
│   ├── 1-hello-world
│   ├── 2-hello-channels
│   ├── 3-hello-workflow
│   ├── 4-hello-modules
│   ├── 5-hello-containers
│   └── 6-hello-config
├── test-params.json
└── test-params.yaml

Bölümü genişletmek ve içeriğini görüntülemek için renkli kutuya tıklayın. Beklenen komut çıktısını özlü bir şekilde dahil etmek için bunun gibi daraltılabilir bölümler kullanırız.

.nf dosyaları, kursun hangi bölümünde kullanıldıklarına göre adlandırılmış iş akışı betikleridir.
nextflow.config dosyası, minimal ortam özelliklerini ayarlayan bir yapılandırma dosyasıdır. Şimdilik görmezden gelebilirsiniz.
data/ altındaki greetings.csv dosyası, kursun çoğunda kullanacağımız girdi verilerini içerir. İlk kez tanıttığımızda Bölüm 2'de (Kanallar) açıklanmaktadır.
test-params.* dosyaları, Bölüm 6'da (Yapılandırma) kullanacağımız yapılandırma dosyalarıdır. Şimdilik görmezden gelebilirsiniz.
solutions dizini, kursun her adımından kaynaklanan tamamlanmış iş akışı betiklerini içerir. Çalışmanızı kontrol etmek ve sorunları gidermek için referans olarak kullanılmaları amaçlanmıştır.

Hazırlık kontrol listesi¶

Dalmaya hazır olduğunuzu düşünüyor musunuz?

Bu kursun amacını ve ön koşullarını anlıyorum
Ortamım çalışır durumda
Çalışma dizinini uygun şekilde ayarladım

Tüm kutuları işaretleyebiliyorsanız, hazırsınız demektir.

Bölüm 1: Hello World bölümüne devam etmek için bu sayfanın sağ alt köşesindeki oka tıklayın.