Görüntüleme için Nextflow¶
Yapay zeka destekli çeviri - daha fazla bilgi ve iyileştirme önerileri
Bu eğitim kursu, veri analizi pipeline'larını çalıştırmak ve özelleştirmekle ilgilenen görüntüleme ve uzamsal biyoloji alanındaki araştırmacılar için tasarlanmıştır. Molecular Cartography uzamsal transkriptomik verilerini işlemek için kullanılan bir pipeline olan nf-core/molkart kullanarak workflow'ları çalıştırma, düzenleme ve yapılandırma ile ilgili temel Nextflow kavramlarını öğretir. Burada öğrendiğiniz beceriler herhangi bir Nextflow veya nf-core pipeline'ına aktarılabilir.
Hadi başlayalım! Eğitim ortamını başlatmak için aşağıdaki "Open in GitHub Codespaces" düğmesine tıklayın (tercihen ayrı bir sekmede), ardından yüklenirken okumaya devam edin.
Öğrenme hedefleri¶
Bu kursu tamamlayarak, görüntüleme analizi pipeline'larını çalıştırmak için temel Nextflow kavramlarını ve araçlarını nasıl uygulayacağınızı öğreneceksiniz.
Bu workshop'un sonunda şunları yapabileceksiniz:
- Bir Nextflow workflow'unu yerel olarak başlatmak ve yürütmeyi izlemek
- Nextflow tarafından oluşturulan çıktıları (sonuçları) ve log dosyalarını bulmak ve yorumlamak
- Bir nf-core pipeline'ını test verileri ve özel girdilerle çalıştırmak
- Profiller ve parametre dosyalarını kullanarak pipeline yürütmesini yapılandırmak
- Örnek sayfaları (samplesheet) ve komut satırı parametrelerini kullanarak girdileri yönetmek
Hedef kitle ve ön koşullar¶
Bu kurs aşağıdakiler konusunda minimal bir aşinalık varsayar:
- Komut satırı deneyimi
- Görüntüleme dosya formatları hakkında temel bilgi (TIFF görüntüleri, tablo verileri)
Teknik gereksinimler ve ortam kurulumu için Ortam Kurulumu mini kursuna bakın.